Останавливаем MySQL:
/etc/init.d/mysql stop
Запускаем в режиме без проверки прав доступа:
/usr/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables &
Соединяемся как root без пароля:
mysql --user=root mysql
Обновляем пароль:
mysql> update user set Password=PASSWORD('новый пароль') WHERE User='root'; mysql> flush privileges;
Завершаем работу mysqld_safe:
"Ctrl+c" killall mysqld
Запускаем MySQL в обычном режиме.
/etc/init.d/mysql start