Перед вызовом этой функции необходимо инициализировать генератор случайных чисел, иначе при каждом новом вызове функции shiffle() результат перемешивания будет один и тот же. Для инициализации генератора случайных чисел используется функция mt_srand():

mt_srand(time()*100000);

shuffle($Arr);