$this→SetVariable($name, $value)

либо самостоятельно получить rootactivity (GetRootActivity()) и поменять переменную $rootactivity→arVariables[$name] = $value, хотя это в общем-то и делает указанная первой функция, но мало ли.

http://dev.1c-bitrix.ru/community/forums/forum7/topic29517/